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根据教授Mark Pallen、Dr Aimee Parker、教授Nick Loman和教授Alan Walker的观点，医学微生物学界普遍反对存在“脑微生物组”的说法，认为健康人脑中没有常驻微生物群落。尽管某些病原体能够感染脑部并引发神经症状，但这些并不代表存在一种本土微生物社区。 同时，疫苗对认知的益处应归因于其预防感染的作用，而非对“脑微生物组”的影响。过去十年的研究表明，这些发现更多地与实验室试剂的污染有关，而不是具有真实意义的微生物群落。 虽然发现某些感染与可逆性痴呆有关的研究正在兴起，但这些研究必须建立在严谨且可重复的科学基础上。 针对阿尔茨海默病的微生物组倡议正在探索脑感染如何可能导致此类疾病，并开发新的诊断工具和治疗方案。
